一个化学反应的类型或合成路径的特性在很大程度上是由初始原料的选择决定的。一旦选定初始原料，许多后续方案即已确定，成为这个初始方案的必然结果。可见，原料的选择是十分重要的。绿色化学在这一领域的主要任务就是寻找可替代的、对环境无害的原料。比如用生物质代替石油。目前，绝大多数有机化学品是用石油作原料合成的。石油的炼制需要大量的能量，同时，石油炼制中往往需要加氧，而氧化过程是所有化学合成中污染最严重的过程。生物质则可以避免上述的不利因素。生物质包括树木、草、农作物、藻类以及其他任何通过光合作用可以生成的物质。由于生物质含有较多的氧元素，在产品制造中可以避免或减少氧化步骤造成的污染。同时，用生物质作原料的合成过程比以石油作原料的过程的危害性小得多。而且，生物质炼制中产生的新物质，还可作为石油化学炼制中的原料，进一步用于制造其他产品。
    从能源的选择上看，用生物质代替石油也是一种"绿色"的选择。石油与天然气、煤、原子能等一样，属于不可再生能源；生物质则与太阳能、水力和水热、风能、地热等一样，属于可再生能源。可再生能源的开发可以缓解或避免能源危机与环境污染给人们带来的不利影响。
    绿色化学不但关心原料的选择，而且还关心被选择的原料是否得到了充分利用，即是否实现了"原子经济化"或向着"原子经济化"方向努力。"原子经济化"的概念是美国化学家特劳斯特（B.M.Trost）于1991年提出的，其主要内容是化学反应应该最大限度地利用原料分子中的每一个原子，使它们都结合到目标分子（目标中的产物）中去，从而达到零排放（即没有副反应，不生成副产物，更不能产生废弃物）。原子经济化就好比我们要做一件衣服，既要完全合身，又要不出一点废料，虽然说起来容易，但想真正实现这一目标，还有很长的路要走，需要几代人的努力。  

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